Какой формат образа диска лучше?
 

iso, bin, mdf и др.
Иметь столько форматов это необходимость или прихоть программистов?

mdf - скорее прихоть. Если переименовать в iso, то всё равно работает (и даже mds не требует).
Но, одного iso, пожалуй, недостаточно.