Две java на одном компе
 

Залез в пункт "Установка и удаление программ" и нашёл там две java машины - одну версии 1.3.1, а другую версии 5.0
Не могу понять как это произошло и стоит ли мне одну из них удалить или лучше не трогать?

Glook
1.31 - более старая версия, хотя с нее Sun JM сразу перешла на 5.х. Осторожная рекомендация - не трогать, если все работает :) Но можете удалить и посмотреть, что будет - в крайнем случае потребуется переустановить 5.0.