Что будет если удаленный насильно контроллер снова появится в сети?
 

Подскажите, при диагностике доменного контроллера были выявлены проблемы с репликацией с одним из контроллеров (последняя репликация была более 2 лет назад). При этом ни 88, ни 389 порт на проблемном КД не были открыты. Доступ к этому ПК никак не удалось получить. Он был насильно удален из ADUC, после этого ошибки в выводе dcdiag на остальных КД пропали.

Почему домен может считать рядовой ПК за один из контроллеров? И что может произойти если он снова появится в сети (на момент удаления не был доступен).

Значит в системе AD были записи на этот счёт. Как они там оказались Вам виднее.

Ничего не произойдёт если вы удалили о нём все упоминания в AD, DNS и на сетевых интерфейсах серверах и пользовательских ПК.