Скрыть выключить некоторые папки общего доступа на время
 

Можно ли как ни будь выключить на время (с сохранением всех настроек и прав доступа) папки общего доступа на сервере.
Выключить службу к сожалению не вариант - выключить надо только некоторые шары, а не все.

Поменять разрешения для общего ресурса не вариант?

clop1000,

Выставьте на время не разрешено подключение для групп или пользователей сетевой шары, а запрещено.