Система подвисает на 5-10 секунд
 

В общем система подвисает на 5-10 секунд, регулярно.
Никаких манипуляций вроде бы не производил, антивирус вроде бы ничего не находит, кроме кряков для программ(реагирует на них).
В чем может быть причина даже не знаю, посоветуйте? что это может быть и как и чем проверить

Возможно, для начала, следует глянуть в журнал СМАРТ ж/д?