Internet Explorer и пользователь тонкого клиента
 

Есть Windows Server 2008 R2 используется как сервер удаленных рабочих столов и также на нем стоит AD.
Пользователь с тонкого клиента подключается к серверу и часто пользуется настройками internet explorer, т.е. добавляет необходимые сайты в список надежных.
Вопрос: Возможно ли сделать так чтобы настройки IE сохранялись после завершения сеанса? Чтобы пользователь мог добавлять необходимые сайты из своей сессии и не терять их после завершения сеанса.
Направьте пожалуйста в нужное русло

Вообще-то сервер удалённых рабочих столов создаёт для каждого пользователя отдельный профиль и хранит в нём все настройки.

Как раз таки ваша ситуация неправильная.
Возможно включен режим неизменяемого профиля.

Используются доменные профили или локальные профили сервера терминалов?
Какое расширение у файла профиля пользователя ntuser?
Какие действующие политики показывает оснастка rsop.msc?