Два логотипа Windows 10
 

После обновления с 10240 до 10565 при запуске системы как обычно появляется логотип Windows и бегущие шарики проходит определённое время и появляется на пару секунд чёрный экран и после опять появляется логотип с шариками и длится это чудо 45 секунд потом как обычно чёрный экран и экраны приветствия. Я предполагаю это остатки сборки 10240 (Windows.old) шарики при этом двигаются с еле заметными тормозами.

Нет, конечно. Как папка на диске может влиять...
Вам сюда http://forum.oszone.net/thread-303339.html , выполняйте инструкции