Создать разделы на 3Тб
 

Имеется два жестких диска по 3Тб. GPT. Можно ли разбить их на разделы? Если да, то чем можно это сделать? Спасибо.

Можно. Штатными средствами вашей ОС.
Управление дисками в Windows Vista/Windows 7 и Windows 8/8.1

С трех-террабайтниками вроде сложнее обстоит дело?

Dzhigurda, в чём сложность то? Вы попробуйте. Всё равно, на сколько я понял, они у вас "чистые".
Возьмите Acronis наконец, если что то не получается.