Баги с резервным копированием сайта
 

Никак не получается снять бэкап с сайта.
Пробовал через filezilla - программа отчиталась об успешном завершении копирования, но некоторые папки отсутствовали в копии.
Потом сделал по другому - заархивировал все файлы прямо на сервере и скачал архив. После разархивирования выяснилось что некоторых файлов и папок опять таки не хватает.
Хостинг - iphoster (если это вам чем-то поможет).
Скажите пожалуйста, с чем это связано и что делать?

Начните с обращения в техподдержку хостера. Предоставленной Вами информации достаточно только для обсуждения сферического коня в вакууме (как и в прошлой теме).

После окончания скачивания фалов на FileZilla на панели снизу есть "Успешные передачи" и "Неудавшиеся передачи". Так вот файлы, которые не передались как раз должны находится в закладке "Неудавшиеся передачи". И их можно повторно закачать (пр. кл. мыши - "Очистить выбранные и получить снова"). При первой заливке файлы могли не закачатся из-за потери соединения на некоторое время.