Цитата http://www.altlinux.org/RPM

Практически каждый крупный проект, использующий RPM, имеет свою версию пакетного менеджера, отличающуюся от остальных.
Различия между представителями семейства RPM выражаются в
наборе макросов, используемых в .spec-файлах,
различном поведении RPM при сборке «по умолчанию» — при отсутствии каких-либо указаний в .spec-файлах,
формате строк зависимостей,
мелких отличиях в семантике операций (например, в операциях сравнения версий пакетов),
мелких отличиях в формате файлов.