Склейвание сканированых картинок
 

Посоветуйте бесплатную программу

Вам как — ручками делать, або для автоматизации?

Ручками. В смысле ставятся на сканах соответствующие точки, а программа склеивает сканы по ним

Вы сделали взаимоисключающее утверждение. Определитесь.

Оцифровка бумажных карт, которые на бумаге существуют на нескольких листах?
Или на одном большом листе, но жадное начальство не покупает нормальный сканер?

Ну в склеивающей программе руками ставятся "идентичные" точки на разных сканах по которым программа склеивает в 1 лист
Не карты а лист атласа акупунктурных точек.