Кодирование в MMF
 

Подскажите хорошую программу с интуитивно понятным интерфесом для создания полифонии из аудио файлов?

Или может быть кто поможет переконвертировать аудио в 40-голосую полифонию?

Так не говорят.

Насколько я понимаю, вы хотите из аудио сделать MIDI-файл. Могу сказать, что тратить на это время бессмысленно: технологии для более-менее приличной такой конвертации нет. В лучшем случае вы получите звуковую кашу, в которой будет с трудом угадываться исходная музыка.

А уж о точном количестве голосов, которое вы желаете получить, вообще речи не идёт.