Дополнительное действие при нажатии пункта "Script paused" в меню иконки в трее
 

Ну для примера выводить разные msgbox при снятии или установки галочки на этом пункте


У меня конечно получилось это, но хотелось бы без всяких новых пунктов меню и функций.

Smokie_id11243755,
В справке функция TrayCreateMenu().

а зачем создавать меню?

Я не думаю что можно отловить это действие, да и не нужно. Легче создать своё меню и такой же пункт для паузы скрипта. Подобные скрипты уже не раз пробегали тут на форуме.