Зашифровать файлы
 

Необходимо зашифровать, файлы в sfx так чтобы на компьютере где стоит OS их можно было запустить без ввода пароля, а если просто скопировать sfx архив на флешку то спрашивался бы пароль, ключ, сертификат и т.п.

Попробуй включить EFS на файл.

В том и проблема что под той учетной записью под которой будут работать можно спокойно скопировать фаил и он раскодируется.