Как заблокировать программу в Windows
 

1. Я уезжаю далеко.
2. Комп оставляю включенным.
3. За квартирой будут присматривать. ( и мне тоже хочется присматривать).
4. Для присматривания установил скайп, веб камеру настроил. Настроил скайп на авто поднятие трубки от определенного контакта и. пр. (суть не в этом)
Цель:
5. Как сделать так, чтобы когда компьютер включали, скайп запускался и "блокирвался", т.е. он работал, функциональность тоже не нарушалась. Но закрывать его нельзя было. Или альтернативный вариант: спрятать его из трея (если можно из процессов тоже), чтобы казалось что скайпа нет и он не запущен, но на самом деле он работал.

Например, запустить при старте компьютера от имени другого пользователя при помощи Планировщика.

воспользуйся специальным софтом, например Webcam Surveyor, или WebcamXP, или что-то подобное. В этих программах есть возможность просмотра видео с вебки по сети и запуск в срытом режиме. Также поставь на компьютер на всякий случай Radmin server, в случае если не будет работать скайп или Webcam Surveyor.