Сделать флэшку не загрузочным разделом.
 

После тестов с загрузочной флэшкой, она стала активным разделом. Как это можно исправить? Форматирование не помогает, ни простое, ни на низком уровне.

Попробуйте с помощью Acronis Disk Director снять "активность".