Интересные параметры автозагрузки в Windows XP
 

HKEY_USERS\.DEFAULT\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Policies\Explorer\run
В какой момент запускаются эти программы (прописанные тут) и запускаются ли они вообще?

HKEY_USERS\.DEFAULT - до входа в ОС (ввода пароля и логина) запускаются программы и сервисы от имение учётки Local System. >>
HKEY_CURRENT_USER - после входа (ввода пароля и логина) конкретного пользователя в систему.
Виндовс даёт указание на запуск. Их возможность или не возможность запустится зависит от их производителей.